北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。
同仁医院历经百余年发展，凝练出“精诚勤和”的医院精神。在新的历史时期，同仁人将继承和发扬百年同仁优良传统，弘扬主流文化，苦练内功，精于内涵，团结一致，创新发展，努力为人民群众提供优质、、快捷的医疗服务。
在临床相关研究方面，眼底专科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。北京同仁医院眼底专科坚持以临床服务为根本，以科研创新为导向，医疗、教学、科研、预防发展的目标，推动了创新型的科学研究工作的持续开展和学科临床服务水平的不断提高。
北京同仁医院眼外伤专科集几代眼外伤人的总结积累、几十年的临床实践诊治经验，业已形成一套具有自身特色的、在国内外业界具有良好口碑的眼外伤诊断常规，现已发展成为我国规模大、综合技术力量强的眼外伤专科。眼外伤专科除开展一般常见疾病手术如：白内障摘除、人工晶状体植入，晶状体脱位半脱位摘除、人工晶状体/张力环脱位半脱位复位、玻璃体切除，眼内异物取出，视网膜嵌顿、视网膜脱离复位等手术外，还广泛开展了各种复杂眼外伤的前后段联合手术，善于接诊各类眼外伤疑难杂症和重急症患者，在眼外伤后各种疑难高危复杂玻璃体视网膜病变、眼前节紊乱、眼球早期萎缩、眼后房微小异物、感染性眼病、复杂性虹膜睫状体病变以及严重眼化学伤等眼外伤相关疾病的诊治水平处于国际水平，是国内复杂性眼外伤患者的转诊中心，使许多以往无法医治的眼底、眼外伤复杂疑难病症得到成功的救治。