火龙果的根系主要分布在表土层，所以施肥应采用撒施法，忌开沟深施，以免伤根。此外，每批幼果形成后，根外喷施0.3%硫酸镁+0.2%硼砂+0.3%磷酸二氢钾1次，以提高果实品质。

由于火龙果采收期长，要重施有机质肥料，氮、磷、钾复合肥要均衡长期施用。完全使用猪、鸡粪含氮量过高的肥料，使枝条较肥厚，深绿色且很脆，大风时易折断，所结果实较大且重，品质不佳，甜度低，甚至还有酸味或咸味。因此，开花结果期间要增施钾肥、镁肥和骨粉，以促进果实糖分积累，提高品质。